Öğrencilik yıllarında çeşitli siyasi faaliyetlerde yer almış ve bu dönemde PKK propagandası yaptığı iddiasıyla cezaevinde bulunmuştur.
1989’dan itibaren Halkın Emek Partisi (HEP) çizgisindeki partilerin çeşitli kademelerinde görev almış olan Bakırhan, 1999 yılında Kars Belediye Başkanlığı'na aday olmuş ancak seçimi kazanamamıştır. Sonrasında HADEP Kars İl Başkanlığı görevinde bulunmuş ve 2002 genel seçimlerinde DEHAP’tan Kars milletvekili adayı olmuştur. Ancak partisi barajı aşamadığı için parlamentoya girememiştir.
DEHAP genel başkanlığı yaptıktan sonra, partinin kapatılması ve Demokratik Toplum Partisi (DTP) çatısı altında devam edilmesi sürecine dahil olmuş, genel başkanlık görevini Ahmet Türk’e devretmiştir. 2014 yerel seçimlerinde Siirt Belediye Başkanı olarak seçilmiş, ancak 2016 yılında “PKK/KCK silahlı terör örgütüne üye olmak” suçlamasıyla gözaltına alınıp tutuklanmış ve belediye başkanlığı görevinden alınmıştır.
Şu anda Tuncer Bakırhan Siirt Milletvekili ve Halkların Eşitlik ve Demokrasi Partisi’nin Eş Genel Başkanı olarak görev yapmaktadır.